通過藥物減肥無疑是一柄雙刃劍。能夠像廣告所說的“有效”“安全”“不反彈”的減肥藥，還沒有被開發出來。
減肥藥跟任何別的藥物一樣，都是在必要性和副作用之間尋找平衡。
肥胖是被當作一種疾病來對待的，是否使用藥物減肥需要遵照醫生的意見。一般而言，只有BMI（“身高體重指數”，即體重（公斤為單位）除以身高（米為單位）的平方得到的數值）大于30，或者大于27且伴有其它疾病（比如高血壓、高血脂、糖尿病等），醫生才會建議采用藥物減肥。對于一般的超重，使用藥物減肥被認為沒有必要，或者說，弊大于利。
BMI與體質以及疾病風險的關系，在不同的人群中略有差異。亞洲人的BMI普遍低于歐美。在中國，認為BMI在18.5至23.9是合理值，24至27.9是超重，而28以上是肥胖。
減肥或者說保持合理體重對于健康有非常重要的意義，但是通過藥物減肥無疑是一柄雙刃劍。能夠像廣告所說的“有效”“安全”“不反彈”的減肥藥物，還沒有被開發出來。許多為了“美麗”而減肥的人，BMI值遠遠沒有達到推薦使用藥物的地步。從健康的角度來說，合理健康的食譜加適度的運動，是最有利的。
吃藥抑制脂肪吸收或會傷肝2009年8月24日，美國食品藥品管理局（FDA）宣布對暢銷減肥藥阿萊（Alli）和賽尼可（Xenical）的副作用進行調查。在過去的幾年間，FDA收到了32例阿萊或者賽尼可的使用者出現肝臟損傷的報告。
阿萊（Alli）是被FDA批準的唯一一種非處方減肥藥，人們可以自由購買。而賽尼可是阿萊的處方版本，有效成分是阿萊的兩倍，要有醫生的處方才能購買。
阿萊和賽尼可的生產廠商拒絕承認阿萊會導致肝臟損傷，他們宣稱阿萊的安全性得到了一百多項臨床試驗的支持。而FDA也還沒有認定肝臟損傷和減肥直接相關，說可以在醫生的指導下繼續服用。但是，對阿萊和賽尼可的安全性質疑遠未停止。今年早些時候英國也開始對其副作用進行調查。
阿萊和賽尼可的有效成分叫做“奧利司它（orlistat）”，是一種脂肪酶抑制劑。它通過干擾脂肪消化、抑制脂肪吸收來減少熱量攝入，從而實現減肥。科學論文中有服用6到12個月減掉2.9公斤的報道。但是，抑制脂肪吸收的同時，脂溶性的維生素（比如維生素A、D、E、K等）的吸收也就同時受到抑制，常見的副作用有拉稀、腹脹、排便不規律、腹痛以及消化不良等。
作為藥物，奧利司它的減肥效果是明顯的。相比于療效，上述的這些副作用也就能夠被接受。不過，如果調查結果證實它還會損傷肝臟，那么副作用就太大了。
控制食欲的藥不能長期食用還有一類通過改變腎上腺素來抑制食欲的減肥藥。其中最常用的是芬特明（phentermine）。芬特明的短期減肥效果很明顯，結合適當的生活方式控制，平均能減掉3.6公斤。它最常見的副作用有口干、頭痛、失眠、神經過敏、易怒和便秘等等。一方面，這些副作用限制了它的長期使用；另一方面，長期使用會導致身體的耐受性增加，效果就下降了，而且容易產生依賴和濫用。苯丙醇胺也是這一類的藥物，曾經被批準當作非處方藥出售，后來發現它可能會導致女性的出血性中風，就被取消了。
還有一類減肥藥跟體內的血清素有關。它們會影響一段時間內的進食量，增加人體的基礎代謝，通過“少吃”“多消耗”來實現減肥。FDA曾經批準了芬氟拉明（fenfluramine， Pondimin）和右芬氟拉明（dexfenfluramine， Redux）的使用，不過由于它們有導致心臟瓣膜疾病和肺動脈高壓的風險，廠家在1997年自愿撤銷了這兩種產品。
FDA還批準使用一種叫做西布曲明的藥物用于減肥。它具有改變腎上腺素和血清素的雙重作用，減肥效果比較可觀。用藥12個月之后，有減掉4.2到4.5公斤的報道。還有一項研究報道在兩年之后還能保持減掉4公斤的效果。不過，它也同樣可能導致口干、便秘、失眠、升高血壓和心率，以及心悸亢進等等。